2026年10月から在留手続の手数料が大幅改定|変更・更新・永住で確認すべき費用と実務

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2026年10月1日から、在留資格変更許可、在留期間更新許可、永住許可などの申請で、入管に納付する手数料が大きく変わりました。

在留資格変更・在留期間更新の手数料は、これまでの一律に近い仕組みから、実際に許可された在留期間に応じて金額が変わる段階制になりました。永住許可の手数料は、1万円から20万円へ引き上げられました。

今回の改定は、単に申請費用が高くなったというだけではありません。窓口申請とオンライン申請で金額と納付方法が異なるほか、許可される在留期間によって、同じ更新・変更申請でも負担額が大きく変わります。外国人本人だけでなく、申請費用を負担する企業にとっても、在留期限管理や予算の考え方を見直す必要があります。

この記事では、2026年10月1日以降の手数料、支払時期、オンライン申請の注意点、永住許可申請を検討する際の考え方、2027年4月に予定される制度変更まで、実務上のポイントを整理します。

注記
2026年10月の手数料額と納付方法は正式に決定された内容です。一方、この記事で取り上げる2027年4月の永住許可ガイドラインについては、本稿を作成した2026年9月時点で公表されている改定案に基づきます。確定版では内容や経過措置が変わる可能性があるため、実際に申請する際は最新情報をご確認ください。

2026年10月から何が変わったのか

特に影響が大きいのは、次の三つの手続です。

  • 在留資格変更許可
  • 在留期間更新許可
  • 永住許可

在留資格変更許可は、たとえば「留学」から「技術・人文知識・国際業務」へ変更する場合など、現在の在留資格から別の在留資格へ変更する手続です。

在留期間更新許可は、現在の在留資格で引き続き日本に在留するため、在留期限前に行う手続です。

永住許可は、現在の在留資格を有する外国人が、在留資格「永住者」への変更を希望する場合に、法務大臣から受ける許可です。

なお、海外から外国人を呼び寄せる際に行う在留資格認定証明書交付申請(COE申請)については、今回の変更・更新・永住許可と同じ手数料はかかりません。

在留資格変更・在留期間更新の新しい手数料

2026年10月1日以降に申請する在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料は、次のとおりです。

実際に許可された在留期間窓口申請オンライン申請決済手数料を含むオンライン支払額
3か月以下10,000円10,000円10,330円
3か月超6か月以下18,000円15,000円15,330円
6か月超1年未満25,000円21,000円21,330円
1年33,000円27,000円27,330円
1年超3年未満48,000円42,000円42,330円
3年以上5年未満64,000円56,000円56,550円
5年以上75,000円65,000円65,550円

オンライン申請では、入管に納付する手数料とは別に、指定決済事業者への決済手数料がかかります。決済手数料は、入管手数料が4万2,000円以下の場合は330円、5万6,000円又は6万5,000円の場合は550円です。

オンライン申請は窓口申請より低く設定されている区分が多いものの、3か月以下については、入管手数料そのものは窓口・オンラインとも1万円です。オンラインではこれに決済手数料330円が加わります。

希望した期間ではなく「許可された期間」で金額が決まる

新制度で特に注意したいのは、申請人が希望した在留期間ではなく、審査の結果、実際に許可された在留期間によって手数料が決まることです。

たとえば5年を希望して更新申請をしても、許可された在留期間が1年であれば、納付する入管手数料は窓口申請で3万3,000円、オンライン申請で2万7,000円です。オンライン申請の場合は、別途330円の決済手数料がかかります。

反対に、長い在留期間が許可されれば1回の支払額は高くなります。ただし、長期の在留期間が許可されれば、次回の更新までの期間が長くなり、その間の更新手続や書類準備が不要になります。したがって、1回の金額だけでなく、今後何年間に何回の更新が必要になるかという視点で考えることが大切です。

在留期間は、希望どおりに選べるものではありません。活動内容、雇用の安定性、所属機関の状況、届出義務の履行状況、これまでの在留状況などを踏まえて審査されます。

在留期間の考え方については、「在留期間とは?1年・3年・5年の違いと更新時の考え方」もご参照ください。

手数料を支払うのは申請時ではなく許可時

変更・更新・永住許可の手数料は、原則として申請書を提出する時点ではなく、審査が終わり、許可を受ける際に納付します。

窓口申請では、審査終了後に送付される通知はがきに納付額が記載されます。オンライン申請では、審査完了後に送信される決済案内メールに納付額が記載されます。

許可される在留期間によって金額が変わるため、申請時点では最終的な支払額を確定できません。外国人本人が準備する場合も、企業が費用を負担する場合も、想定される許可期間に応じて幅を持たせて予算を考える必要があります。

また、これらは「許可を受ける際の手数料」であるため、不許可となった場合に許可手数料は発生しません。ただし、証明書の取得費用、翻訳費用、行政書士報酬など、申請準備のために支出した費用まで返還されるという意味ではありません。

窓口申請とオンライン申請で納付方法が異なる

窓口申請は収入印紙で納付

窓口で申請した場合は、許可を受ける際に収入印紙で手数料を納付します。

手数料が高額になったため、入管庁舎内の売店や近隣のコンビニエンスストアでは、必要な額面や枚数の収入印紙を用意できない場合があります。通知はがきで金額を確認し、可能な限り規模の大きな郵便局などで事前に購入しておくと安心です。

オンライン申請はコンビニ決済又は銀行決済

2026年10月1日以降にオンラインで申請した場合、収入印紙による納付はできません。審査終了後に届く決済案内メールに従い、コンビニ決済又は銀行決済で支払います。

銀行決済ではインターネットバンキングを利用できますが、クレジットカード決済やQRコード決済には対応していません。また、コンビニ決済と銀行決済のいずれを選んでも、所定の決済手数料がかかります。

決済案内を装った不審なメールへの注意も必要です。送信元やリンク先を確認し、入管から案内されている正規の手順で支払いましょう。

オンライン申請の対象、利用者、手続方法については、出入国在留管理庁の「在留申請のオンライン手続」をご確認ください。

オンライン申請を選べばよいとは限らない

オンライン申請には、窓口へ出向く負担を減らせることや、多くの区分で手数料が低く設定されているという利点があります。

一方で、すべての申請人が自分でオンライン申請を利用できるわけではなく、事前の利用者登録や対象手続の確認が必要です。また、後述する手数料の減額を求める場合、在留申請オンラインシステムは減額措置に対応していません。減額の対象となる事情と資料を提出する場合は、窓口で申請する必要があります。

単純な金額差だけで決めず、申請人の状況、対象手続、必要資料、受取方法、減額申出の有無を確認したうえで、申請方法を選ぶことが重要です。

永住許可の手数料は20万円

2026年10月1日以降に申請する永住許可の手数料は、20万円です。改定前の1万円と比べると、19万円もの引上げとなります。2026年9月迄の申請機会を逃した方にとっては、心理的に永住申請を検討し難くなったという方も中にはいらっしゃるのではないでしょうか。それでも、他資格で数年おきに更新手続きを行うことと比べれば、やはり魅力のある資格だと思います。

永住許可申請は、現時点では在留申請オンラインシステムの対象ではありません。また、20万円は申請時に前払いするのではなく、永住許可を受ける際に納付します。不許可の場合、永住許可手数料20万円は発生しません。

ただし、「不許可なら20万円を支払わないから、とりあえず申請してみる」という考え方は適切ではありません。不許可となれば、資料取得や申請準備にかけた費用と時間は戻らず、不許可理由を確認したうえで、状況を改善して再申請する必要があります。

手数料が高額になったからこそ、申請前に次の点を丁寧に確認する重要性が高まっています。

  • 必要な在留年数を満たしているか
  • 現在の在留期間で申請できるか
  • 収入と扶養人数のバランスに問題がないか
  • 住民税・国税を期限どおり納付しているか
  • 年金・健康保険料に未納や納付遅れがないか
  • 海外出国の回数や期間が長すぎないか
  • 現在の在留資格に合った活動をしているか
  • 入管法上の届出義務を履行しているか
  • 交通違反、罰金刑その他の法令違反に問題がないか
  • 不利な事情について説明資料を準備できるか

永住許可申請の基本については、「永住許可申請の基本|申請前に確認すべきこと」もご参照ください。

収入、納税、年金、健康保険については、「永住申請で重視される収入・納税・年金・健康保険」で詳しく解説しています。

改定前に申請した場合の経過措置

新旧どちらの手数料が適用されるかは、許可日ではなく、原則として申請の受付日で決まります。

申請の受付日適用される手数料
2026年9月30日まで許可が10月1日以降でも改定前の手数料
2026年10月1日以降改定後の手数料

したがって、2026年9月30日までに受け付けられた申請が10月以降に許可された場合でも、変更・更新は窓口6,000円又はオンライン5,500円、永住許可は1万円という改定前の手数料が適用されます。

オンライン申請の場合は、「申請受付仮番号」又は「申請受付番号」のお知らせメールで受付日を確認できます。改定日前後に申請した方は、申請日ではなく受付日を確認し、入管から案内された金額と納付方法に従ってください。

手数料の減額・免除制度

2026年10月から、経済的事情その他の特別な理由がある場合の減額・免除制度も設けられています。

減額の対象となり得るのは、生活保護法に規定する要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められ、かつ、人道上の配慮をする必要がある方です。単に収入が低いことや、通常の手数料が高額であることだけで、当然に減額されるものではありません。

手続減額後の手数料
在留資格変更許可10,000円
在留期間更新許可10,000円
永住許可20,000円

永住許可について減額の対象となり得るのは、日本人、永住者又は特別永住者の配偶者・子等のうち、所定の条件を満たす方に限られます。資産状況や在留状況を含め、個別に判断されます。

減額を求める場合は、生活状況や人道上の事情を示す資料を、申請書類と併せて提出する必要があります。オンライン申請は減額措置に対応していないため、減額対象となる事情を申し出る場合は窓口申請が必要です。

詳細は、出入国在留管理庁の「令和8年10月1日以降における在留許可手数料の減額措置又は免除措置について」をご確認ください。

値上げ後は「申請を遅らせる」より準備の質が重要

手数料が高くなると、申請時期を遅らせたい、できるだけ申請回数を減らしたいと考えるかもしれません。しかし、在留期間更新は在留期限までに行う必要があり、変更申請も活動内容が変わる場合には適切な時期に行わなければなりません。手数料を抑えるために必要な手続を遅らせることはできません。

また、申請書に長い在留期間を希望すると記載しただけで、長期の在留期間が許可されるわけではありません。申請回数と将来の負担を減らすためにも、日頃から次の点を整えておくことが重要です。

  • 在留カードと在留期限を定期的に確認する
  • 転職、退職、離婚、所属機関の変更などの届出を期限内に行う
  • 在留資格で認められた活動と実際の業務内容を一致させる
  • 税金、年金、健康保険料を期限どおり納付する
  • 更新の直前ではなく、必要資料を早めに確認する
  • 企業側も雇用条件書、職務内容、会社資料を適切に整備する

今回の改定後は、申請時だけでなく、次の更新を見据えた継続的な在留管理の重要性が一層高まったといえます。

外国人を雇用する企業が見直したいこと

今回の改定は、外国人本人だけでなく、外国人を雇用する企業にも影響します。特に、外国人社員を複数名雇用している企業や、更新時期が集中する企業では、手数料負担と事務負担が同時に増える可能性があります。

企業は、次の事項を整理しておくとよいでしょう。

  • 外国人社員ごとの在留資格、在留期限、更新申請が可能になる時期
  • 入管手数料を本人負担とするか、会社が負担又は補助するか
  • 許可期間によって金額が変わることを踏まえた予算
  • 窓口申請とオンライン申請のどちらを利用するか
  • オンライン申請を利用するための社内体制と担当者
  • 入管手数料、決済手数料、行政書士報酬の区分
  • 会社負担とする場合の社内規程や社員への説明
  • 変更・更新に必要な企業側資料の保管方法
  • 永住申請を希望する社員への案内方針

たとえば、多数の外国人社員について更新費用を会社が負担している場合、全員分を従来と同じ一律額で予算化することはできません。許可結果が出るまで最終額が分からないため、一定の幅を持たせた予算管理が必要です。

他方、手数料が高くなったことを理由に、在留期間や申請結果を本人の責任として扱うことには慎重さが必要です。許可期間は本人の希望だけで決まらず、雇用の継続性、職務内容、企業の状況、各種届出なども含めて審査されます。会社側も、適正な雇用・在留管理と申請資料の整備に取り組む必要があります。

外国人社員の在留期間更新で会社が準備する資料については、「外国人社員の在留期間更新で会社が準備すべき書類」もご参照ください。

2027年4月には永住許可制度の見直しも予定

永住許可申請を検討している方は、2026年10月の手数料改定だけでなく、2027年4月1日に予定される制度変更にも注意が必要です。

令和6年入管法等改正法により、永住許可要件には、入管法上の義務の遵守や、公租公課の支払等に関する事項が明記されます。これらは現在の永住審査でも考慮されていますが、改正後は法律上の要件として、より明確に位置付けられます。

公表された永住許可ガイドライン改定案では、主に次のような考慮要素や見直し案が示されています。

  • 世帯人数に応じた収入の安定性
  • 年金の加入・納付状況に加え、将来の年金受給見込額
  • 日本語教育の参照枠B1相当の日本語能力
  • 日本の制度・ルールに関する理解
  • 学齢期の子どもの就学状況
  • 長期又は頻繁な海外出国
  • 日本人・永住者等の配偶者に認められる在留年数特例の見直し
  • 永住申請時に求められる「最長の在留期間」の取扱い

これらは、手数料を支払えるかどうかとは別の問題です。永住許可手数料が20万円になっても、許可基準を満たしていなければ許可されません。反対に、改定後の手数料負担だけを理由として、必要な準備が整っていないまま申請を急ぐことも適切ではありません。

海外出国が多い場合

改定案では、合理的な理由なく、過去10年以内に1回の出国で6か月以上日本を不在にした場合や、過去10年間の出国期間が通算2年6か月以上となる場合には、原則として消極的に評価する考え方が示されています。

海外出国が多い場合の注意点については、「海外出国が多い場合の永住申請の注意点」もご参照ください。

配偶者に関する在留年数の特例

現行ガイドラインでは、日本人・永住者・特別永住者の配偶者について、実体を伴った婚姻生活が3年以上継続し、かつ、引き続き1年以上日本に在留している場合に、原則10年在留の特例が認められています。

改定案では、これを婚姻生活5年以上、かつ日本での継続在留3年以上へ延長する内容が示されています。実子等についても、日本で3年以上継続して在留することを求める案です。

配偶者ビザから永住申請を検討する場合は、「配偶者ビザから永住申請をする場合の注意点」もご参照ください。

在留期間「3年」の取扱い

現在は、永住申請において在留期間「3年」でも、当面は「最長の在留期間」を有するものとして取り扱われています。

改定案では、2027年4月1日からこの取扱いを改め、原則として各在留資格に定められた最長の在留期間を有していることを求める内容が示されています。ただし、2027年3月31日時点で在留期間「3年」を有する方について、一定の経過措置も示されています。

申請可能性を大きく左右する点であるため、2027年4月前後に永住申請を予定している方は、確定版のガイドラインと経過措置を必ず確認してください。

永住者の在留資格取消制度も変わる

令和6年入管法等改正法により、2027年4月1日から、永住者について次の取消事由が追加されます。

  • 入管法上の義務を正当な理由なく遵守しないこと
  • 故意に税金、年金、健康保険料などの公租公課を支払わないこと
  • 一定の刑罰法令違反により拘禁刑に処せられたこと

ただし、税金や社会保険料に未納があれば、直ちに永住者の在留資格が取り消される制度ではありません。病気、災害、失業などのやむを得ない事情や、納付に向けた対応なども個別に考慮されます。取消しに当たっては、事実調査や本人からの意見聴取も行われます。

詳細は、「永住者の在留資格の取消しに関するガイドライン案」をご確認ください。

まとめ

2026年10月1日から、在留資格変更・在留期間更新の手数料は、実際に許可された在留期間に応じた段階制となりました。窓口申請では最大7万5,000円、オンライン申請では最大6万5,000円となり、オンライン申請では別途330円又は550円の決済手数料がかかります。

永住許可の手数料は20万円です。いずれも申請時ではなく、許可を受ける際に納付します。不許可の場合には、許可手数料は発生しません。

改定後の実務では、次の点を確認する必要があります。

  • 実際に許可された在留期間によって手数料が決まる
  • 窓口申請とオンライン申請では、金額だけでなく納付方法も異なる
  • 減額措置を申し出る場合は窓口申請が必要
  • 企業が費用を負担する場合は、許可期間に応じた予算管理が必要
  • 高額になった永住申請では、申請前の要件確認がより重要
  • 2027年4月には永住許可制度の見直しも予定されている

今回の引上げによる負担は決して小さなものではなく、これまでとの金額差に戸惑いを感じる方も少なくないでしょうし、理不尽さを感じたり、納得しにくいと感じたりする方がいるのも当然でしょう。

しかし、国によって制度や手数料に含まれる行政サービスが異なるため単純な比較はできないものの、諸外国には、日本の改定後の金額と同程度又はそれ以上の手数料を設けている国もあります。今回の改定によって、日本だけが不当に高い手数料を課すことになったわけではなく、これまで国際的に見て比較的低かった日本の手数料が、諸外国の水準に近づいたという見方もできます。

また、今回の改定は、単なる負担の増加という一面だけでなく、日本が、増加する外国人を受け入れるための体制を本格的に整えていく段階に入ったことの表れではないでしょうか。

日本で生活する外国人が増えれば、在留手続の審査に加え、相談体制、日本語や日本の制度を学ぶ環境、生活上の支援、行政手続のデジタル化など、整備すべき基盤も広がります。従来と同じ体制や費用のままでは、必要な対応が十分に行き届かなくなることも考えられます。

私は、今回の改定を、外国人にとって費用負担が大きくなるという一面だけでなく、外国人を日本社会の一員として受け入れ、必要な環境整備に国が本格的に向き合い始めた動きの一つとして、前向きに受け止めたいと考えています。

納付する手数料が、外国人本人やその家族が日本で安心して生活するための環境を支える費用の一部になると考えれば、その負担の意味も、少し違って見えるのではないでしょうか。

在留資格・永住申請のご相談

在留資格変更、在留期間更新、永住許可申請では、申請時期だけでなく、現在の在留資格、活動内容、在留期間、収入、納税、年金、健康保険、海外出国歴などを確認したうえで準備を進めることが重要です。

外国人本人の在留手続や、外国人を雇用する企業の在留期限管理・更新手続についてお困りの場合は、行政書士TMY総合法務事務所までご相談ください。

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参考資料・出典